Nisan 1999'da Rusya Başsavcısı Yury Skuratov, Aeroflot şirketindeki zimmete para geçirme olayıyla ilgili bir soruşturma açtı ve Berezovsky için tutuklama emri çıkardı.
Rusya Federasyonu'nun en meşhur oligarklarından Berezovsky'nin Putin'le tanışması aslında Putin'in St. Petersburg Belediye Başkan Yardımcısı olduğu 1990'ların başlarına dayanıyordu. Luke Harding The Guardian'daki makalesinde Berezovsky ile Putin'in İsviçre'de beraber kayak yaptıklarını yazmıştı. 1999'da Putin, Berezovsky'nin eşinin doğum günü partisine de katılmıştı. Berezovsky Başbakan Primakov ile Aeroflot konusunda anlaşmazlık yaşıyordu. Aeroflot davası özetle şuydu. Nisan 1999'da Rusya Başsavcısı Yury Skuratov, Aeroflot şirketindeki zimmete para geçirme olayıyla ilgili bir soruşturma açtı ve Berezovsky için tutuklama emri çıkardı. Bu olayın arkasında Primakov ile olan çatışma vardı, Berezovsky'nin ekibi Primakov'un başbakan olmadan önce başkanlık ettiği Dış İstihbarat Servisi'nde görevli olup Aeroflot'u paravan olarak kullanan binlerce casusun kovulmasına neden olmuştu. Soruşturma kapatıldı, hiçbir suçlama yapılmadı.
1999 yılının Temmuz ayının ortalarında Aile, Berezovsky'i başbakanlık teklifini iletmesi için Putin'in konakladığı Fransa'nın İspanya sınırına yakın bir kasaba olan Biarritz'e gönderdi. 9 Ağustos'ta Yeltsin, Sergey Stepaşin hükümetini görevden aldı ve Putin'i başbakan olarak atadı.
The Times'a göre İspanyol polisi, başbakan Putin'in beş kez İspanya'yı gizlice ziyaret ettiğini, önce İngiliz toprağı Cebelitarık'a geldiğini, buradan yasal prosedürlere uymadan deniz yoluyla Berezovsky'nin Sotogrande'deki villasına geçtiğini raporlamıştı.
1999 Duma seçimlerinde Berezovsky Putin yanlısı Birlik Partisi'nin kurulmasını sağladı. Kendisi de Karaçay-Çerkes Cumhuriyeti'ni temsilen milletvekili seçildi. Ama ne olduysa bu yıl oldu. Putin dokuz aylık başbakanlığının ardından devlet başkanı seçildi ama iki eski tanıdığın yolları kısa zaman içinde ayrıldı. Berezovsky yeniden otoriter bir rejimin kurulmasına karışmak istemediğini söyleyerek Duma'dan istifa etti. Deniz tatbikatı "Summer-X"e katılan Rus denizaltısı Kursk'un 12 Ağustos 2000'de Barents Denizi'nde sahte torpidoları ateşlemeye hazırlanırken yaşanan patlama sonucu batması ülke için büyük bir felaket oldu. Nükleer enerjiyle çalışan Kursk'un 118 personelinin tamamı ölmüştü. Berezovsky'nin medya kuruluşları kurtarma çalışmaları için Putin'in yabancı ülkelerden gelecek yardımı kabul etmemesini sert bir şekilde eleştirdi.
Bu dönemde Putin otoriterliğin sinyallerini daha güçlü verdi. Oligarklar tarafından kontrol edilen medyanın haksız eleştirilerine artık müsamaha göstermeyeceğini açıkladı. Berezovsky'e göndermede bulunarak "devletin elinde bir sopa var, biz bu sopayı henüz kullanmadık, sadece salladık... Ama kullanmaktan da çekinmeyiz" dedi. Aynı ay Rus savcıları Aeroflot yolsuzluk soruşturmasını yeniden başlattı ve Berezovsky sorgulandı. 7 Kasım 2000'de yurtdışına çıkan Berezovsky üzerindeki baskıdan ötürü Rusya'ya dönmeyeceğini duyurdu.
2001 yılında, Rus hükümeti özel sektöre ait televizyon kanallarını devralmaya başladı, Berezovsky, Gusinsky ve Patarkatsişvili medya varlıklarının çoğunu kaybetti Şubat ayında Berezovsky ve Patarkatsişvili, ORT'deki hisselerini, editoryal kontrolü Kremlin'e bırakan Roman Abramoviç'e sattı. Vladimir Gusinsky'nin NTV kanalının kontrolü de Putin'e geçti. Berezovsky daha sonra daha küçük bir kanal olan TV-6'yı satın alıp Patarkatsişvili'yi yönetime getirdi. Patarkatshişvili hemen sonra polis soruşturmasına uğradı, akabinde de ülkeyi terk etti.
Birleşik Krallık artık Berezovsky'nin yeni mekanıydı. Buraya yerleştikten sonra Uluslararası Sivil Özgürlükler Vakfı'nı (IFCL) kurdu ve Putin'i açıkça eleştirmeye başladı. Rusya'nın istihbarat örgütünü Putin'in devlet başkanlığına destek amacıyla 1999'da 300 kişinin hayatına mal olan "Apartman Bombalamaları"nı düzenlemekle suçladı. 2005'te Ukrayna'nın eski cumhurbaşkanı Leonid Kravçuk, Berezovsky'i Viktor Yuşçenko'nun 2004 Ukrayna cumhurbaşkanlığı seçim kampanyasını finanse etmekle suçladı ve Berezovsky tarafından kontrol edilen şirketlerden Yuşçenko'nun destekçilerinin şirketlerine para transferi belgelerini basına gösterdi. Yıllar sonra Şubat 2012'de Dozhd kanalına verdiği bir röportajda Berezovsky, Ukrayna Turuncu devrimine kişisel olarak yaklaşık 50 milyon dolar sağladığını söyleyecekti.
Eski istihbaratçı Alexander Litvinenko Eylül 2003'te Rus istihbaratı tarafından Berezovsky'e suikast düzenleneceğini iddia etmişti. İşin ilginç tarafı Kasım 1998'de Rus televizyonda yayınlanan bir basın toplantısında, üstlerinin Berezovsky'e suikast düzenleyeceğini iddia edenler arasında zamanın istihbarat yarbayı Alexander Litvinenko'nun da olmasıydı. Haziran 2007'de de Berezovsky Scotland Yard'ın bir suikast girişiminin hedefi olabileceğine dair bildirimi üzerine İngiltere'den ayrıldığını açıkladı. Berezovsky'nin yakın arkadaşı Litvinenko, 1 Kasım 2006'da Londra'da çayına konulan radyoaktif Polonyum 210 ile öldürüldü. Bu dönemde İngiltere'den çok sayıda Rus diplomat sınırdışı edildi. Şubat 2008'de ise Berezovsky'nin ortağı Badri Patarkatsishvili Londra yakınlarındaki Leatherhead'teki malikanesinde bir aile yemeğinin ardından yatak odasında yere yığılıp öldü. Kalp krizi geçirdiği söylenen Patarkatsishvili 52 yaşındaydı. Ülkesinde devlet başkanlığına aday olarak Gürcistan Devlet Başkanı Mihail Saakaşvili'yi devirmek için kampanya yürütüyordu.
Sonuç olarak Boris Berezovsky de 23 Mart 2013'te Sunninghill'deki evinde 67 yaşında hayatını kaybetti. Kilitli bir banyoda boynunda bir iple bulundu. İddiaya göre ölümünden bir gün önce Londra'da bir muhabire yaşamak için bir nedeninin kalmadığını söylemişti. Öte yandan cesedin yanında kimliği belirsiz bir parmak izi bulunduğu ve eve giren bir sağlık görevlisinin radyasyon alarmının çaldığı da basında yer aldı. Berezovsky böyle gürültülü bir hayat yaşadı ve bugün Surrey'deki sessiz bir mezarlıkta yatıyor.
